在论文查重过程中，常见问题之一是如何处理重复引用。很多学者在写作论文时，会引用相同的文献或内容，导致查重结果高于预期。解决方法之一是通过修改引用格式或重新表达引用内容来减少相似度。另外，定期检查引用的准确性和完整性也是降低重复引用率的有效方法。

另一个常见问题是如何处理与他人合作的论文。在合作写作过程中，很容易出现相似度较高的情况，这可能被查重系统误判为抄袭。解决这个问题的方法包括清楚地标注合作作者，注明各自贡献的部分，以及在论文中说明合作关系。此外，合作前可以明确讨论引用和借鉴的部分，避免出现不必要的相似度。